KARAKTERISASI MORFOLOGI DAN OPTIMASI PRIMER INTER SIMPLE SEQUENCE REPEATS (ISSR) UNTUK STUDI AWAL KERAGAMAN GENETIK Syzygium zeylanicum (L.)

Abstrak

Syzygium zeylanicum (Myrtaceae) merupakan spesies yang tumbuh di kawasan IndoMalaya. Lingkungan tumbuh S. zeylanicum yang berbeda dapat mempengaruhi karakter morfologi dan mencerminkan adanya keragaman genetik. Tujuan penelitian ini adalah untuk mendeskripsikan karakter morfologi S. zeylanicum dan optimasi primer Inter Simple Sequence Repeats (ISSR) sebagai langkah awal untuk studi keragaman genetik  S. zeylanicum. Penelitian ini dilakukan dengan mengambil sampel S. zeylanicum koleksi Kebun Raya Bogor pada enam lokasi, yaitu vak V.B.84, V.B.84a, II.Q.87, II.Q.87a, V.C.54a, dan V.C.97a. Sampel daun beserta ranting diambil untuk karakterisasi morfologi. Isolasi DNA dilakukan dengan CTAB 2%. Optimasi dilakukan untuk 12 primer ISSR (ISSR1, ISSR2, ISSR3, ISSR4, ISSR5, ISSR6, ISSR7, ISSR8, ISSR9, ISSR10, ISSR11, dan ISSR12) dengan rentang suhu annealing 52 – 54 ºC, 52,1 – 53,1 ºC, 55 – 58 ºC, dan 45 – 50 ºC. Hasil karakterisasi menunjukkan daun S. zeylanicum bertipe tunggal, bangun daun lanceolate, ujung daun caudate, pangkal daun aequilateral, tepi daun entire, venasi brochidodromous, tata letak daun opposite, perlekatan petiolate, permukaan abaksial glabrous, dan permukaan adaksial lustrous. Panjang daun, lebar daun, dan diameter ranting S. zeylanicum yang didapatkan masing-masing berkisar antara 6 – 8,7 cm, 2,37 – 3,03 cm, dan 1,45 – 1,96 cm. Selain itu, sebanyak 11 dari 12 primer ISSR berhasil didapatkan suhu optimal untuk suhu annealing, antara lain ISSR1 (57,7 ºC), ISSR2 (52,8 ºC), ISSR3 (56,6 ºC), ISSR5 (52,7 ºC), ISSR6 (52,9 ºC), ISSR7 (47,8 ºC), ISSR8 (47,8 ºC), ISSR9 (52,6 ºC), ISSR10 (53,0 ºC), ISSR11 (49,7 ºC), dan ISSR12 (49,0 ºC). Hanya primer ISSR4 yang tidak memunculkan pita DNA setelah dilakukan optimasi pada semua rentang suhu yang digunakan.